直接通过FckEditorAPI获取编辑器实例，然后修改：


准备条件：执行初始化代码：
<script type="text/javascript">  
      window.onload = function(){  
           var oFCKeditor = new FCKeditor('FCKmessage') ;  
           oFCKeditor.BasePath = "/fckeditor/";  
           oFCKeditor.Width="100%";  
           oFCKeditor.Height="400";  
           oFCKeditor.ReplaceTextarea();  
      }  
</script>  

如何取值？取值相对比较简单：
var content = FCKeditorAPI.GetInstance("FCKmessage").GetXHTML("true");  


如何赋值？赋值的情况相对比较复杂。这是因为FCKEditor编辑器有两种模式，一种是源代码模式，一种是可视化编辑模式。这两种模式赋值的情况是不一样的。
实现代码如下,代码实际没这么复杂，可以参考简化实现。
<script type="text/javascript">  
function SetFCKEditor(htmlStr){  
   if (typeof(FCKeditorAPI) == 'undefined') {  
    return false;  
   }  
     
   var oEditor =FCKeditorAPI.GetInstance("FCKmessage");  
   if(oEditor.EditorDocument!=null){  
       htmlStr = htmlStr.replace(/\<br \/\>\r\n/gi, '\r\n');            
       htmlStr = htmlStr.replace(/\<br \/\>\n/gi, '\n');  
             
       htmlStr = htmlStr.replace(/\r\n/gi, "<br />");  
       htmlStr = htmlStr.replace(/\n/gi, "<br />");  
       oEditor.EditorDocument.body.innerHTML = htmlStr;  
   }  
   else if (typeof(oEditor.EditingArea) != 'undefined'  
               && typeof(oEditor.EditingArea.Textarea) != 'undefined'){  
       //textStr is more suitable compared with htmlStr  
       htmlStr = htmlStr.replace(/\<br \/\>\r\n/gi, '\r\n');            
       htmlStr = htmlStr.replace(/\<br \/\>\n/gi, '\n');  
                     
       htmlStr = htmlStr.replace(/\r\n/gi, "<br />");  
       htmlStr = htmlStr.replace(/\n/gi, "<br />");      
       oEditor.EditingArea.Textarea.innerText = htmlStr;    
   }  
     
   currentTab="FCKEditor";  
}  
</script>  

简化模式
<script type="text/javascript">  
function SetFCKEditor(htmlStr){  
   if (typeof(FCKeditorAPI) == 'undefined') {  
    return false;  
   }  
     
   var oEditor =FCKeditorAPI.GetInstance("FCKmessage");  
   if(oEditor.EditorDocument!=null){      
       oEditor.EditorDocument.body.innerHTML = htmlStr;  
   }  
   else if (typeof(oEditor.EditingArea) != 'undefined'  
               && typeof(oEditor.EditingArea.Textarea) != 'undefined'){  
       //textStr is more suitable compared with htmlStr      
       oEditor.EditingArea.Textarea.innerText = htmlStr;    
   }  
     
   currentTab="FCKEditor";  
}  
</script>  

调用：
var htmlStr = "<span>我要重新设置的内容</span>";
SetFCKEditor(htmlStr);